Ý thức hệ đóng vai trò quan trọng trong cuộc diệt chủng này. Mong muốn của Khmer Đỏ là đưa đất nước trở lại với "quá khứ huyền thoại", mong muốn ngăn chặn viện trợ từ nước ngoài xâm nhập vào nước này, điều mà trong mắt họ là một ảnh hưởng xấu, mong muốn khôi phục lại đất nước thành một xã hội nông nghiệp, và cách thức mà họ đã cố gắng để thực hiện mục tiêu này là tất cả các yếu tố của sự diệt chủng [10][11]. Một lãnh đạo Khmer Đỏ nói, phải "thanh lọc quần chúng"[12], và các vụ giết người bắt đầu.

Ben Kiernan đã so sánh ba nạn diệt chủng trong lịch sử, diệt chủng Armenia, Holocaust và diệt chủng Campuchia, các cuộc diệt chủng chia sẻ một số đặc điểm chung. Phân biệt chủng tộc là một và một phần quan trọng của hệ tư tưởng của cả ba chế độ. Nó nhắm mục tiêu vào thiểu số tôn giáo, cố gắng sử dụng vũ lực để mở rộng thành một "trung tâm tiếp giáp", "lý tưởng hóa dân tộc nông dân của họ như tầng lớp 'quốc gia' thật sự, mảnh đất chủng tộc để từ đó một quốc gia mới thành lập và phát triển" [13]. Chế độ Khmer Đỏ nhắm mục tiêu các nhóm dân tộc khác nhau trong cuộc diệt chủng, buộc phải chuyển nơi ở của họ, cấm sử dụng các ngôn ngữ thiểu số, cấm tôn giáo. Sự đàn áp các tín đồ Hồi giáo, Thiên Chúa giáo, Phật giáo diễn ra sâu rộng [14]. Điều này diễn ra cùng với thanh lọc xã hội Campuchia theo xã hội và chính trị, đã dẫn đến sự thanh lọc của quân đội và các nhà lãnh đạo chính trị của chế độ cũ, cùng với các nhà lãnh đạo ngành công nghiệp, các nhà báo, sinh viên, bác sĩ và luật sư cũng như các sắc tộc Chăm, Việt và Hoa [15].